این احتمال مطرح است که HPV از یک دوره نهفته غیرقابل تشخیص (Non-detectable dormant state)  برخوردار بوده که می تواند سالیان بعد مجدداً فعال شود.  که به آن فاز نهفته بیماری و یا latent infection نیز می گویند. این مسئله می تواند توضیحی برای وجود HPV در زنانی باشد که سالیان طولانی فقط یک شریک جنسی داشته اند و در این دوره امکان انتقال HPV هم وجود دارد.

بنابراین طبق این نظریه امکان پاکسازی ویروس وجود نداشته باشد.
ولی بطور کلی بررسی های evidence base تاکنون نشاندهنده آن است که اگر تست فوق از نظر آزمایشگاهی منفی باشد اثرات کانسروژنیک این ویروس هم وجود ندارد.
بطور کلی 90 الی 95% عفونت های ویروسی طی یک بازه زمانی 8 الی 18 ماهه از بدن پاک می شوند.

مدت زمان پاکسازی HPV های پرخطر از بدن، بدون انجام هرگونه درمان خاص بصورت زیر است:

- طی 8 ماه در 70% موارد پاک می شود.

- طی 12 ماه در 80% موارد پاک می شود.

- طی 18 ماه در 90% موارد پاک می شود.

طولانی ترین زمان پاکسازی مربوط به ویروس HPV 16 است. البته این مدت زمان به قدرت سیستم ایمنی اشخاص بستگی دارد، به خصوص در بیماران مبتلا به HIV، زمان پاکسازی طولانی تر است که باعث پایداری بیشتر عفونت HPV شده و در نتیجه ریسک کانسر سرویکس مهاجم را افزایش می دهد.

فاکتورهای اپیدمیولوژیک موثر در پایداری عفونت با HPV عبارتند از:

•  استعمال دخانیات،

•  استفاده طولانی مدت از OCPs (یا قرص های ضدبارداری خوراکی)،

•  عفونت های همزمان با کلامیدیا،

•  عفونت همزمان با HSV type II و یا HIV،

•  فاکتورهای تغذیه ای (رژیم های کم پروتئین)

تبصره: امروزه مشخص شده است که غذاهای غنی از فولات یا ویتامین  B9 (که بهتر است با فرم سنتتیک آن یعنی اسید فولیک افتراق اش دهیم) رل مهمی در پیشگیری از ابتلاء به عفونت با HPV 16 و دیسپلازی دهانه رحم دارد. این نکته در مورد مصرف اسیدفولیک بصورت سنتتیک جهت پیشگیری از ابتلاء به HPV اثبات نشده است.

بنابراین غذاهای غنی از فولات نظیر مارچوبه ( asparagus)، لوبیا قرمز، بروکلی، عدس (lentils)، بامیه (okra)، کلم دکمه ای (brussels sprouts)، نخود فرنگی، نخود ایرانی (chickpeas)، آووکادو، اسفناج، پرتقال، گواوا (guava)، خربزه درختی (papaya)، مانگو، موز، انار (pomegranate)، کاهو، گل کلم، کلم و ماش (mung beans) در این بیماران توصیه می شود.

•  وجود عفونت در همسر.

بنابراین منفی شدن تست HPV از نظر آزمایشگاهی معادل پاک شدن این ویروس در نظر گرفته می شود.